Peter Zahner ist seit Dezember 2007 Geschäftsführer der ZLE Betriebs AG, dem Betreiber der ZSC Lions, und war zuvor unter anderem Direktor des Schweizerischen Eishockeyverbandes.
1991 wechselte er vom EHC Kloten zum Schweizerischen Eishockeyverband und übernahm die Leitung der Junioren-Nationalmannschaften. 1995 wurde er beim SIHF zum Sportdirektor befördert und war in dieser Zeit zudem Trainer beim EHC Winterthur. Ab März 2004 wechselte er beim SIHF auf den Posten des Verbandsdirektors, den er bis 2007 bekleidete.
Zum 1. Dezember 2007 wechselte Zahner als Geschäftsführer zur ZLE Betriebs AG, dem Betreiber der ZSC Lions. Im November 2008 übernahm er zusätzlich ein weiteres Amt, da er in den Exekutivrat von Swiss Olympic gewählt wurde. 2013 wurde er zudem Mitglied im Verwaltungsrat der «wiederbelebten» Champions Hockey League (CHL) und wurde im Juni 2018 zum Präsidenten der CHL gewählt.